เกาะหินซ้อนมีลักษณะเป็นแนวโขดหินกลางทะเลไม่มีชายหาดรอบเกาะ มองดูคล้ายกับเรือดำน้ำลอยลำอยู่กลางทะเล บางคนจึงเรียกเกาะหินซ้อนว่า "กองหินเรือดำน้ำ" บริเวณรอบเกาะหินซ้อนถือเป็นจุดที่มีแนวปะการังที่สวยงาม มีทั้งปะการังอ่อน ปะการังแข็ง ดอกไม้ทะเล รวมไปถึงปลาการ์ตูน ปลานกแก้ว และปลาอื่นๆ อีกมากมายสวยงามน่าสนใจ นอกจากนี้เกาะหินซ้อนยังได้รับยกย่องจากองค์การยูเนสโก ให้เป็นมรดกแห่งอาเซียน (ASEAN Heritage Parks and Reserves ) ในปี พ.ศ. 2525