อุทยานแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติไทยประจัน อยู่ในเขตการปกครองของตำบลยางหัก ตำบลทุ่งหลวง ตำบลอ่างหิน อำเภอปากท่อ และตำบลบ้านบึง ตำบลหนองพันจันทร์ ตำบลบ้านคา อำเภอบ้านคา จังหวัดราชบุรี โดยได้กำหนดพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติป่าฝั่งซ้ายแม่น้ำภาชี เป็นพื้นที่อุทยานฯ และเป็นพื้นที่ในโครงการอุทยานเฉลิมพระเกียรติไทยประจัน