เดิมวัดแห่งนี้ชาวบ้านเรียกขานว่า “วัดบางโทง” มื่อประชาชนและหน่วยงานจากหลากหลายภาคส่วนในจังหวัดกระบี่ ได้ร่วมกันจัดทำ “โครงการสร้างพุทธสถานและพระมหาธาตุเจดีย์ เฉลิมพระเกียรติ ๕๐ พรรษา มหาวชิราลงกรณ” ขึ้นที่วัดแห่งนี้ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งขณะนั้นดำรงพระราชอิสริยยศ สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร ในวันที่ 16 พฤศจิกายน 2549 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามวัดบางโทงให้ใหม่ เป็น “วัดมหาธาตุวชิรมงคล” พร้อมทั้งให้อัญเชิญพระนามาภิไธยย่อ “ม.ว.ก.” ขึ้นประดิษฐานที่หน้าบันพระอุโบสถ