มัสยิดโบราณนัจมุดดิน สันนิษฐานว่าสร้างในปี พ.ศ. 2177 (ค.ศ.1634) ในรัชสมัยของราชินีราตูอูงู บิน สุลต่านมันซูร ซาห์ รัชกาลที่ 8 แห่งราชอาณาจักรปาตานี ดารุสสลาม ซึ่งครองราชย์ระหว่าง พ.ศ. 2167-2178 ซึ่งในสมัยของราชินีราตูอูงูนั้น ได้เกิดสงครามขึ้นระหว่างเมืองปาตานี ดารุสสลามกับราชอาณาจักรกรุงศรีอยุธยา ในขณะนั้นพระเจ้าประสาททองได้ส่งกองทัพกรุงศรีอยุธยาเข้าโจมตี ปาตานีดารุสสลาม เกิดสงครามยืดเยื้อเป็นเวลาแรมปี สงครามครั้งนี้เองจึงเป็นที่มาของวีรกรรมอันกล้าหาญของโต๊ะหยางหญิงแห่งบ้าน บาโงยลางา (คำว่า บาโงย เป็นภาษามลายู หมายถึง ควนหรือเนิน ส่วนคำว่า ลางา แปลว่า การปะทะ สถานที่แห่งนี้คือส่วนหนึ่งของสมรภูมิสงครามในครั้งนั้น) โต๊ะหยางหญิงเป็นผู้เก็บพระมหาคัมภีร์อัลกุรอานในช่วงสงคราม ซึ่งขณะกำลังหนีภัยสงครามนั้นโต๊ะหยางหญิงได้ตกลงไปในหุบเหวเป็นเวลาหลายวัน หลังสงครามสงบโต๊ะหยางได้รับความช่วยเหลือจากชาวบ้านให้ขึ้นจากเหว ซึ่งทุกคนต่างตะลึงเมื่อเห็นสิ่งที่โต๊ะหยางกอดแน่นอยู่กับอกคือพระมหาคัมภีร์อัลกุรอานเล่มหนึ่งซึ่งถูกจารึกด้วยลายมืออันสวยงามวิจิตร ปกทำจากเปลือกต้นมะม่วงหิมพานต์ พระมหาคัมภีร์อัลกรุอานเล่มนี้ ได้ประดิษฐานในมัสยิดแห่งนี้มาจนถึงปัจจุบัน