โบราณสถานกู่คันธนามเป็นปราสาทแบบเขมรที่ใช้ศิลาแลงเป็นวัสดุหลักในการก่อสร้าง ตั้งบนฐานสูงในผังสี่เหลี่ยมย่อเก็จ สร้างหันหน้าไปทางทิศตะวันออก ด้านหน้าปราสาทก่อมุขยื่นออกมาเชื่อมกับลานหิน ส่วนบรรณาลัยเป็นอาคารก่อด้วยศิลาแลงในผังสี่เหลี่ยมผืนผ้า ด้านหน้าบรรณาลัยพบศิลาจารึกหินทรายจารึกอักษรเขมรโบราณภาษาสันสกฤต เมื่อก่อนกู่ต่างๆ เหล่านี้จะใช้เป็นสถานพยาบาล ภายในจึงมีเนื้อหาเกี่ยวกับการสร้างอโรคยาศาลให้เป็นสถานพยาบาลสำหรับประชาชน การแต่งตั้งผู้ทำหน้าที่ในอโรคยาศาล และการพระราชทานสิ่งของตามขนาดของโรงพยาบาลของพระเจ้าชัยวรมันที่ 7 ส่วนกำแพงก่อด้วยศิลาแลงมีผังรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า กึ่งกลางกำแพงด้านทิศตะวันออกเป็นซุ้มประตู (โคปุระ) รูปกากบาท ก่อด้วยศิลาแลง แต่ส่วนที่เป็นคานใช้หินทรายสีชมพู ภายในประดิษฐานพระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวร 4 กร ทำจากหินทรายในลักษณะศิลปะเขมรแบบบายนที่ปัจจุบันสูญหายแล้ว นอกจากนี้ภายในปราสาทยังพบพระไภสัชยคุรุไวฑูรยประภาและพระวัชรธร กึ่งกลางกำแพงด้านทิศเหนือและใต้มีห้องเล็กๆ ที่สามารถเปิดสู่ภายในได้ ส่วนสระน้ำนอกกำแพงกรุด้วยศิลาแลงในผังรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ได้รับการบูรณะแล้ว