ครอบคลุมพื้นที่บางส่วนของนราธิวาส ยะลา และปัตตานี เทือกเขาบูโดแห่งนี้จัดเป็นส่วนหนึ่งของป่าดิบร้อนแบบอินโด-มาลายัน ป่าดิบชื้นเขตร้อน มีความชื้นสูงเพราะมีฝนตกตลอดปี และเป็นป่าที่มีความหลากหลายทางชีวภาพมากที่สุด เมื่อเทียบกับป่าประเภทอื่นในพื้นที่เท่า ๆ กัน พันธ์ไม้เด่นของที่นี่คือ "ใบไม้สีทอง" หรือ "ย่านดาโอ๊ะ" ถูกค้นพบครั้งแรกของโลกที่อุทยานฯ นี้ เป็นไม้เลื้อย มีใบคล้ายใบชงโค หรือใบเสี้ยว แต่มีขนาดใหญ่กว่า ทุกส่วนของใบปกคลุมด้วยขนกำมะหยี่