วัดแก้วฟ้า น่าจะเกี่ยวเนื่องกับเหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์ในยุคกรุงศรีอยุธยาตอนต้นคือ สมเด็จพระไชยราชาธิราช เสด็จสวรรคตโดยกะทันหัน พระราชโอรสองค์ใหญ่ คือพระแก้วฟ้า พระชนม์ได้ 11 พรรษา ได้รับการสถาปนาให้ขึ้นครองราชย์แทนซึ่งขณะนั้น พระเทียรราชา พระอนุชาของพระไชยราชาธิราชเห็นภัยที่จะเกิดขึ้น จึงไปอุปสมบท ณ วัดราชประดิษฐาน ต่อมาสมเด็จพระแก้วฟ้า ครองราชย์อยู่ได้ 1 ปี 2 เดือน ก็ถูก ขุนวรวงศาธิราชกระทำการปลงพระชนม์ ณ วัดโคกพระยา แล้วสถาปนาตนเองขึ้นครองราชย์ได้ 5เดือน ก็ถูก ขุนพิเรนทรเทพ จับฆ่าและเอาศพเสียบประจานไว้ ณ วัดแร้งแล้วอัญเชิญ พระเทียรราชา ขึ้นครองราชย์เป็น สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ซึ่งเป็นเชื้อพระวงศ์ของพระไชยราชาขึ้นครองราชย์แทน ต่อมา วัดแก้วฟ้าก็ได้รับการสร้างขึ้นในสมัยนั้นโดยข้าราชบริพารที่มีความจงรักภักดีต่อพระเจ้าแก้วฟ้าได้สร้างขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์ในการรำลึกถึง พระเจ้าแก้วฟ้าสืบมาจนตราบเท่าทุกวันนี้