สภาพน้ำในทะเลสาบมีสามน้ำ ได้แก่ น้ำจืด น้ำกร่อย และน้ำเค็ม โดยปริมาณและสภาพน้ำในทะเลสาบขึ้นอยู่กับน้ำจืดที่ไหลลงมาและน้ำเค็มจากทะเลหนุนเข้ามา ซึ่งในฤดูน้ำหลาก เดือนพฤศจิกายน-ธันวาคม จะมีน้ำจืดไหลลงสู่ทะเลสาบปริมาณมาก จึงไปผลักดันน้ำเค็มออกสู่อ่าวไทย เมื่อถึงฤดูแล้ง ปริมาณน้ำจืดที่ไหลลงสู่ทะเลสาบมีน้อย น้ำเค็มจะไหลเข้ามาแทนที่ ทำให้น้ำในทะเลสาบเป็นน้ำกร่อย ในทะเลสาบมีเกาะหลายเกาะ เช่น เกาะใหญ่ เกาะสี่ เกาะห้า เกาะแก้ว เกาะหมาก เกาะนางคำ เกาะราบ และเกาะยอ สามารถท่องเที่ยวล่องเรือรอบทะเลสาบได้ตลอดทั้งปี โดยเฉพาะในช่วงเดือนธันวาคม-มีนาคม เป็นช่วงที่นกน้ำอพยพมาอาศัยอยู่ในบริเวณนี้เป็นจำนวนมาก